ในอนาคตอันใกล้นี้ โลกถูกปกครองโดย Smart Brain Corporation โดย 90% ของประชากรเป็น Orphnoch และเผ่าพันธุ์มนุษย์ที่โด่งดังครั้งหนึ่งกำลังใกล้สูญพันธุ์ ทาคูมิ อินูอิ คาเมนไรเดอร์ ไฟซ์ ครั้งหนึ่งเคยถูกมองว่าเป็นผู้กอบกู้มวลมนุษยชาติ จนกระทั่งถูกโจมตีโดยกองกำลังสมาร์ทเบรน เขาจึงถูกสันนิษฐานว่าเสียชีวิตแล้ว ตั้งแต่นั้นมา กลุ่มกบฏที่เป็นมนุษย์ได้จัดฉากโจมตีกลุ่มที่ซับซ้อนของ Smart Brain เพื่อพยายามขโมยเข็มขัดจักรพรรดิที่เป็นความลับสุดยอด แต่ไม่ประสบความสำเร็จ คิบะ ยูจิ, นาโอยะ ไคโด และยูกะ โอซาดะ พยายามบรรเทาความตึงเครียดระหว่างทั้งสองเผ่าพันธุ์ แต่การประชุมสันติภาพของพวกเขาถูกขัดขวางโดยกองทหารสมาร์ทเบรนและนักรบคนใหม่ คาเมนไรเดอร์ไซก้า ทาคุมิเชื่อว่าตัวเองเป็นนักพายผลไม้หนุ่มชื่อทาเคชิ ได้ฟื้นความทรงจำและกลายมาเป็นคาเมนไรเดอร์ไฟซ์อีกครั้งเพื่อจัดการกับเรื่องต่างๆ ด้วย Smart Brain ครั้งแล้วครั้งเล่า